Het verhaal van Reiki, zoals wij dat tot nu toe kennen, is mondeling tot ons gekomen. Steeds is het doorgegeven van leraar naar student. De overdracht van Reiki gaat via een mondelinge traditie. Dit verhaal zoals wij hebben gehoord, wordt tegenwoordig toevertrouwd aan het papier. Sinds 1986 doen verschillende verhalen de ronde. Reiki als natuurlijke geneeswijze is ontstaan rond 1900.

We zijn in Japan.
Op de universiteit in Kyoto, de Doshisha universiteit, geeft dr. Usui een lezing.
Een student steekt zijn hand op.
Hij stelt hem de vraag: "Accepteert u de letterlijke inhoud van de Bijbel?" De hoogleraar beaamt dit. De student gaat verder."In de Bijbel staat dat Jezus de zieken genas, mensen beter maakte en dat hij op het water liep. U accepteert dit zoals het geschreven staat, maar u heeft het nooit zien gebeuren?" dr. Usui beaamt dit en zegt dat hij daar in gelooft, maar dat hij nooit iemand over het water heeft zien lopen. De student gaat door.
"Is voor u dat gevoel van blind geloven voldoende? Misschien wel, want u heeft uw leven achter de rug en heeft uw zekerheden. Ons leven moet nog beginnen en we vragen ons nog zoveel dingen af.  We willen er niet alleen over lezen uit boeken, maar we willen het zelf ervaren. Dr. Usui neemt op dat moment een beslissing, waardoor hij later de grondlegger zal worden van Reiki als natuurlijke geneeswijze. Hij gaat met onbetaald verlof van de Doshisha universiteit en vertrekt naar het eiland Athos, van daaruit bezoekt hij de Verenigde Staten en India op zoek naar mensen die ervaring hebben met het genezen door handoplegging.

Maar hij vindt niet wat hij zoekt. Als hij zich realiseert wat hij tot nu toe heeft geleerd, herinnert hij zich dat in de boeddhistische traditie er van uit wordt gegaan dat Boeddha de kracht van het genezen had. Hij is geïnteresseerd in lichamelijk genezen en op zijn vragen krijgt hij steeds hetzelfde antwoord. Teruggekomen in Japan, bezoekt dr. Usui een goede vriend die Abt is in een boeddhistisch klooster in Kyoto. Die adviseert hem rechtstreeks de vraag voor te leggen aan God. Nog steeds is hij op zoek naar de sleutel van het genezen. Zijn vriend adviseert hem naar een van de heilige bergen in de omgeving te gaan en te mediteren om zo antwoord van God te krijgen. De volgende dag gaat hij op weg en beklimt de berg. Hij gaat zitten, legt 21 steentjes voor zich neer en gaat in meditatie. Elke dag legt hij een steentje weg. Er gebeurt niets en hij voelt zijn krachten opraken. Op de 21e dag ervaart dr. Usui zich een kolom helder stralend wit licht die vanuit de hemel tot hem komt. Als in luchtbellen ziet hij symbolen. Het is de sleutel tot het genezen, zoals Boeddha en Jezus het hebben gedaan. Het lijkt wel of de symbolen  in zijn ziel zijn gegraveerd.
Als de kolom licht oplost, voelt dr. Usui zich niet langer uitgeput. Ook zijn stijfheid en het gevoel van honger van de vorige dagen zijn verdwenen. Verfrist staat hij op en begint de berg af te dalen. Op zijn weg naar beneden stoot hij zijn grote teen en scheurt daarbij de nagel. In een reflex pakt hij, om de pijn te sussen, de teen in zijn hand. Dan gebeurt er iets bijzonders. Binnen enkele minuten verdwijnt de pijn. Het bloeden houdt op en de teen is bijna genezen. Zonder problemen kan hij verder lopen. Beneden in het dal houdt hij even stil bij een eethuisje en besteld een ontbijt. De oude man van het eethuisje, gewend aan monniken, ziet aan zijn ongeschoren gelaat dat dr. Usui een lange periode van vasten achter de rug heeft. Hij zegt tot zijn gast dat de maag van dr. Usui van streek zal raken. Deze zegt dat hij graag een normaal ontbijt wil hebben. De waard schudt zijn hoofd en zegt te verwachten dat zijn gast ziek zal worden. Maar hij doet toch wat hem wordt gevraagd en wijst op een bank onder de boom naast het huisje waar dr. Usui kan wachten. De dochter van de oude man brengt hem het ontbijt. Als dr. Usui opkijkt ziet hij de vrouw die hem bediende nog steeds staan. Ze heeft een betraand gezicht dat rood en gezwollen is. Met vriendelijke stem vraagt hij haar wat er aan de hand is. Ze antwoordt dat ze al drie dagen kiespijn heeft. Met haar toestemming legt hij zijn handen op haar wangen. Binnen enkele minuten begint de zwelling weg te trekken. Ze bedankt hem en dr. Usui gaat terug naar het klooster. Daar hoort hij dat zijn vriend, de abt, ernstig ziek is. Hij gaat naast het bed zitten en legt zijn handen op de buik van zijn vriend, die na een tijd zijn ogen opent. Dan verteld dr. Usui wat er gebeurd is die dag. De genezing van zijn teen, het kunnen eten van een volledige maaltijd, het verdwijnen van de zwelling in het gezicht van de dochter van de waard en nu de genezing van zijn vriend. "Zoveel wonderen op een dag. Ik geloof dat God mij een geschenk heeft gegeven". De volgende dag is zijn vriend koortsvrij. Ze praten er samen over; noemen de kracht Reiki, en overleggen wat dr. Usui er mee moet doen. Dr. Usui heeft het gevoel dat hij naar de armen moet gaan om hen te genezen. Hij gaat werken in de achterbuurt van Tokyo als groenteman op een markt. Dr. Usui kan de kolom goddelijk licht oproepen: mensen inwijden, uitleggen hoe ze hun handen kunnen gebruiken voor zichzelf èn anderen.
Dr. Usui geeft vorm aan de inwijdingen, vorm aan de handpositie's en vorm aan de Reiki Princeples (dit zijn aandachtspunten van het leven). Mensen ontvangen de inwijdingen en leggen handen op zichzelf. Met behulp hiervan kunnen ze ook hun manier van denken genezen. Een van deze studenten is Chujiro Hayashi, een gepensioneerde marineofficier. Deze is zo intensief met Reiki bezig, dat dr. Usui, hem erkent en inwijdt als Reikimaster. 
Zodoende wordt Reiki het Usui system van natuurlijke genezing genoemd.